Se han distinguido no sólo por la composición mayoritariamente indígena de su organización, sino también por el carácter asambleario, profundamente colectivista, para la toma de decisiones de su caminar rebelde. Recordemos que incluso su declaración de guerra al mal gobierno fue votada previamente en las comunidades bajo su hegemonía. Manteniendo el núcleo insurgente una estructura militar, ésta no permeó jerárquicamente los gobiernos surgidos de otro proceso que caracteriza al zapatismo: la construcción de autonomías desde abajo. Incluso, el EZLN tomó una decisión política nunca observada en la experiencia guerrillera de América Latina: retirar de los gobiernos autónomos a todos los integrantes de ese núcleo militar, a partir de que tenían que ser de civiles.

Con base en los criterios o hipótesis del Proyecto Latautonomy (abreviatura de Autonomías Multiculturales: una condición necesaria para el desarrollo sostenible en América Latina) se analiza qué tanto un proceso autonómico puede ser sustentable y en qué grado. Así, la autonomía de los mayas zapatistas se distingue, en primer término, por su integralidad o equilibrio, ya que cubre todos los ámbitos sociales, culturales, económicos, ideológicos. educativos y de cuidado de la salud, entre otros. El Proyecto Latautonomy sintetiza en esta dirección que en un sistema autonómico que es un proceso social del cual emerge un nuevo sujeto político debe existir un equilibrio entre la dimensión política-jurídica, la dimensión cultura-intercultural y la dimensión económica-ecológica. Si un proceso autonómico tiene carencias en una de estas dimensiones (por la sobredimensión de otra), existe el peligro de que actores externos (Estado nacional, terratenientes, compañías trasnacionales, etcétera) penetren el sistema y lo subviertan desde adentro y lo destruyan. Relación investigada: autonomía política-cultura-desarrollo económico  (https://rb.gy/pybjdp).

Los mayas zapatistas han edificado –pese a la guerra contrainsurgente de desgaste del Estado mexicano hasta el día de hoy, que incluye una permanente acción de grupos paramilitares–, un sistema de gobierno participativo que involucra a todos, produciendo transformaciones de gran calado en el propio sujeto autonómico: en las relaciones entre los géneros, entre los grupos de edad, en sus relaciones con los entornos regional, nacional e internacional.

Los mayas zapatistas han fortalecido los tres niveles de gobierno: el comunitario, el zonal y el regional, que en la hipótesis de la red de Latautonomy se explica así: La sostenibilidad de un sistema autonómico depende de su capacidad de vincular el nivel de las comunidades locales con una estructura regional de manera horizontal e interactiva. A través de un proceso de integración desde abajo se deben crear estructuras políticas económicas participativas que se articulan tanto dentro de las autonomías multiculturales como hacia afuera, generando un proyecto de sociedad alternativa. Esta hipótesis va tanto en contra de cualquier localismo etnocentrista como contra representaciones jerárquicas que impiden el desarrollo de mecanismos participativos en la toma de decisiones políticas ( idem).

En estos 29 años, los mayas zapatistas han consolidado estructuras autonómicas que al contrastarlas con las 10 hipótesis de sustentabilidad del Proyecto Latautonomy, resultan claramente paradigmáticas por sobre otras experiencias estudiadas (Nicaragua, Panamá, Bolivia, Ecuador, Brasil). Así, el control del territorio, pese a la contrainsurgencia, la eficiencia de los mecanismos internos de solución de conflictos a partir de una gobernabilidad democrática y participativa, la lucha contra la degradación ecológica y la posibilidad real de escapar a las leyes del mercado, hacen de la experiencia zapatista una luz en el túnel de la crisis civilizatoria que vive la humanidad. Sobre todo, cuando la actual forma de acumulación capitalista lleva, como lo señala Latautonomy, a la pérdida definitiva de cualquier posibilidad de un desarrollo sostenible ( idem).