Influido por los métodos del movimiento libertario ruso contra la autocracia zarista, Flores Magón planteó una revolución social del pueblo pobre por la vía armada; México sólo podría cambiar a través de la derrota político-militar del general Díaz. Desde San Luis, Misuri, manejó la red de contactos de los grupos liberales en México, dirigió la formación de la Junta Organizadora del Partido Liberal Mexicano (28/11/1905) y definió su línea política. Acosado por agentes de EU y México, se exilió en Toronto, Canadá, y en julio de 1906 redactó el Programa del PLM (ya ilegal) y diseñó el proyecto insurreccional revolucionario, que incluyó la depuración y restructuración de los clubes liberales en una organización política clandestina (conspirativa) con un mando centralizado en la junta, preparando las condiciones técnicas para el levantamiento (entrenamiento, acopio de armas) y la publicación de Regeneración como correa de transmisión política-ideológica y propagandística para la lucha contra el déspota, ladrón y sanguinario Porfirio Díaz.

Participó en la intentona por tomar Ciudad Juárez, Chihuahua, se incorporó a la insurrección liberal que comenzó con la toma de Jiménez, Coahuila, y anduvo a salto de mata entre Los Ángeles, San Francisco y Sacramento. Clausurado Regeneración , Flores Magón y sus compañeros crearon el periódico Revolución. Ya entonces Porfirio Díaz ofrecía 25 mil dólares por su captura. En agosto de 1907 Flores Magón fue detenido en Los Ángeles y se le inició juicio por violaciones a las Leyes de Neutralidad y conspiración. Permaneció preso 18 meses en la penitenciaría de Florence, Arizona. En mayo de 1908, el presidente T. Roosevelt declaró ante el Congreso de EU que “el ácrata es el enemigo de la humanidad […] el más profundo grado de criminalidad”, y pidió prohibir el uso del correo por publicaciones anarquistas y aumentar el poder del Servicio Secreto. Liberado en agosto de 1910, en un mitin en Los Ángeles, Flores Magón gritó: ¡Viva la revolución social!

En 1910 existía en México una explosiva confrontación de clase: grandes terratenientes y capitalistas vs el proletariado y el campesinado (96.6 por ciento de las familias rurales carecía totalmente de tierras). Al frente de una fracción moderna de industriales, hacendados, empresarios y caciques regionales norteños, Francisco I. Madero lanzó en octubre el Plan de San Luis, y el 5 de noviembre el Partido Liberal señaló sus diferencias políticas con el Partido Antirreleccionista. Considerando personalista el levantamiento insurreccional armado maderista, decidió privilegiar las tareas clandestinas y la reorganización del partido. El 19 de noviembre de 1910, en Regeneración, Flores Magón rei­teró que los dos conceptos de su consigna ¡tierra y libertad! eran la esencia de las reivindicaciones populares en la Revolución que se avecinaba.

El 20 de noviembre se inició el levantamiento. Con apoyo de la Standard Oil y algunas traiciones, triunfó Madero, quien pidió a Zapata y Francisco Villa desarmar sus tropas. Díaz marchó al exilio. Los magonistas fueron perseguidos en México y EU. El 23 de septiembre de 1911, en un manifiesto, RFM levantó la bandera anarcocomunista, apoyó las huelgas revolucionarias de peones en Yucatán y las tomas de tierras de Zapata en Morelos, de los yaquis en Sonora y Chihuahua contra las fuerzas de Madero, de los pueblos de Sotavento de Veracruz y las comunidades indígenas en Jalisco, y llamó a tomar posesión de fábricas, talleres, minas y fundiciones. Para el PLM, la autoridad y el clero eran el sostén de la inequidad del capital. Por eso les declaró la guerra. Y mientras Zapata establecía la comuna de Morelos con base en tradiciones campesinas de autogobierno, los magonistas establecieron su comuna en Baja California según los principios anarquistas del igualitarismo y la democracia directa.

A comienzos de 1912 Flores Magón criticó la política agraria de Madero. Y en un artículo titulado A tomar la tierra, utilizó la autoridad de Kropotkin −quien apoyó la revolución mexicana− para insistir en que la tierra es la base de toda revolución, del advenimiento del socialismo y que “el problema agrario en México […] constituye la espina dorsal del movimiento revolucionario”. RFM y el PLM apoyaron a Emiliano Zapata. Existen documentos públicos del Ejército Libertador del Sur y comunicaciones personales de Zapata a Flores Magón.

Entre 1913 y 1917 RFM fue encarcelado varias veces en California. En 1917 Estados Unidos entró a la Primera Guerra Mundial; el carrancismo se consolidó en México con la Constitución de Querétaro y en Rusia triunfó la revolución bolchevique saludada entusiastamente por RFM, quien denunció la práctica del terrateniente Carranza de reintegrar a los latifundistas tierras tomadas por los campesinos. Zapata fue asesinado en 1919, Carranza en 1920 y seguiría Villa. En Los Ángeles, la euforia antirroja fue combinada con la xenofobia antimexicana y antiasiática y la paranoia antialemana, y los magonistas no escapaparon al acoso antianarquista y racista.

En el número 262 de Regeneración, que fue el último, RFM y Librado Rivera publicaron un Manifiesto que les costaría la vida. Ambos fueron acusados de sedición. Considerado un anarquista peligroso por el Departamento de Justicia de EU, Ricardo Flores Magón es sentenciado a 22 años de cárcel. El 21 de noviembre de 1922, el prisionero número 14,596 de la penitenciaría de Leavenworth, en Kansas, muere en circunstancias extrañas en su celda. Tenía 49 años. En México, la derrotada revolución se convertiría en la bandera ideológica que legitimaría el gobierno de la burguesía en el siglo XX. Hoy, la tierra sigue concentrada en pocas manos y la guerra de clase continúa.