En 1545, o quizás 1546 —las fuentes difieren en un año—, nació en Alhama de Granada una criatura a la que bautizaron como niña en la Iglesia Mayor de la villa. Su madre era Francisca de Medina, una mujer esclavizada descrita en los documentos del Santo Oficio unas veces como «negra» y otras como «morena», traída a la Península por negreros portugueses y conocida hoy como una de las miles de mujeres africanas que en el siglo XVI habitaban Andalucía bajo el yugo de la esclavitud doméstica. En aquella España, la legislación establecía que los hijos de madre esclavizada nacían también esclavizados, con independencia de la condición del padre. La pequeña Elena heredó así, desde su primer aliento, la condición jurídica que le correspondía por el vientre que la trajo al mundo.
Su padre fue probablemente el propio señor de la casa, Benito de Medina, un labrador con hacienda suficiente para poseer esclavos. El apellido que Elena llevaría el resto de su vida no era el de su sangre; era el de la esposa de su amo, Elena de Céspedes, a quien sirvió durante años y con quien, según los testimonios recogidos en el proceso inquisitorial, mantuvo una relación más cordial que servil. Así funcionaba la economía de los nombres en la España de aquella época. Los cuerpos esclavizados portaban los apellidos de sus propietarios para señalar a qué casa pertenecían, no de dónde venían. La esclavitud que estructuró su infancia formaba parte de un sistema peninsular que desde el siglo XV convirtió a Andalucía en uno de los mayores centros esclavistas de Europa.
